ImageJ – un software para analizar y procesar los archivos de imagen. El software es capaz de analizar de forma eficaz la imagen y recibir los datos técnicos detallados. ImageJ es compatible con la mayoría de los formatos de imagen y tiene un conjunto de herramientas de edición. El software permite producir las diversas transformaciones geométricas, crear los histogramas de densidad, llevar a cabo la visualización en 3D, lleve a cabo las operaciones lógicas y aritméticas entre imágenes, etc. ImageJ es capaz de trabajar simultáneamente con varias imágenes, aplicar los diferentes filtros y llevar a cabo el procesamiento por lotes de archivos. ImageJ contiene muchos plagins que se extienden en gran medida las capacidades del software.